既存エンジンをベースに現行の国内排ガス規制に対応したのが、直4・3.2ℓ縦置きの4M41型である。オリジナルは3代目パジェロがデビューした1999年に登場。分配型噴射ポンプだった噴射系をコモンレール化した。システムはデンソー製で、噴射圧は1800bar。ソレノイドインジェクターは0.16mm径6噴孔を持つ。
エンジン本体の改良は、スワールコントロールバルブの採用（低速時のスモーク低減）/ピストン形状変更（排ガス改善）/吸気ポート形状変更（高速高負荷時のスモーク改善+性能向上）/EGRクーラー多積層化（NOx低減）など。VGターボはIHI製。
後処理ではNOXトラップ触媒（基本特許はトヨタから購入）、NGK製SiC担体のDPFを取り付ける。PMは0.004g/kmとポスト新長期規制に適合する数値ながら、2200kg超の重量が災いしてNOX排出量は0.15g/kmに留まり、新長期規制対応車となっている。
開発は2006年末にスタート。限られた予算でいかに欧州向けディーゼルを国内規制に対応させるか、に腐心した様子がうかがえる。
■ 4M41
エンジンタイプ 直列4気筒DOHC+VGターボ
総排気量（cc） 3200
圧縮比 17
ボア×ストローク（mm） 98.5×105
最高出力（kW/rpm） 125/3800
最大トルク（Nm/rpm） 370/2000
燃料供給装置 コモンレール（ソレノイド式インジェクター：デンソー）
エミッションコントロール 新長期規制